Kazı sırasında birim / öğe / mekân / bina olarak tanımlanan alanlar arası ilişki “Harris Matrix” sistemi ile kurulur. Kazılan her bir kısmın hangisinin önce hangisinin sonra yapıldığını gösteren ilişki ağını oluşturan bu sistem 1980’lerde Edward Harris tarafından geliştirilmiştir. Böyle bir yaklaşım özellikle çok karmaşık bir tarihsel dizilime sahip Çatalhöyük için çok önemli.